O GENE está em processo de constituição. Ele seguirá rigorosamente a Lei 13.800/2019, que estabelece como estrutura mínima para um Fundo Patrimonial:

• Conselho de Administração: que será responsável, dentre outras atribuições, por aprovar o estatuto social, as normas internas relativas à política de investimentos, as normas de administração e as regras de resgate e utilização dos recursos, bem como publicizá-las
• Conselho Fiscal: ao qual compete a avaliação anual das contas do Fundo Patrimonial.

O principal meio de doação será a doação permanente não restrita definida na Lei. Por meio desta modalidade, o valor nominal doado não poderá, em hipótese alguma, ser utilizado. Somente os rendimentos serão utilizados, conforme normas estabelecidas pelo Conselho de Administração do Fundo Patrimonial, e mediante aprovação do projeto em um dos Conselhos do IFSP, dependendo da natureza do projeto (Conselho de Pesquisa e Inovação, Conselho de Extensão ou Conselho de Ensino). 

As doações captadas nesta fase inicial, não serão utilizadas, e irão compor o patrimônio instituidor do Fundo.